علاوه بر این واقعیت که HACCP یک سیستم ایمنی مواد غذایی و ISO 22000 یک استاندارد سیستم مدیریت ایمنی مواد غذایی است، اختلافات بین این دو شامل موارد زیر است:
• ISO 22000 امکان توسعه سیستم مدیریت ایمنی مواد غذایی توسط کارشناسان بیرونی برای هر شرکتی را فراهم می‌کند و این شامل پیاده سازی و تأیید کلیه یا بخشی از فعالیت‌های مشمول این سیستم می‌باشد.
• ISO 22000 همچنین به اصول خوب در بخش‌ها و قوانین بهداشت عمومی که توسط Codex Alimentarius منتشر شده است، اشاره می‌کند.
• طبق ISO 22000 علاوه بر ارتباطات داخلی، ارتباطات خارجی نیز شرط ایجاد، اجرا و به روزرسانی FSMS هستند.
• ISO 22000 برای ارزیابی خطرات شناسایی شده ایمنی مواد غذایی نیاز به تجزیه و تحلیل ریسک دارد.
• ISO 22000 مستلزم مستندات برنامه‌های پیش نیازی تولید است.
• HACCP از مفهوم سنتی تقسیم اقدامات کنترل به دو گروه استفاده می‌کند: پیش نیازها و اقدامات اعمال شده در نقاط کنترل بحرانی (CCP). در مورد ISO 22000، این مفاهیم با اضافه کردن گروهی از اقدامات کنترلی به نام برنامه های عملیاتی پیش‌نیازی تولید (oPRP) به صورت منطقی سازماندهی مجدد می‌شوند.
• ISO 22000 همانند نقاط کنترل بحرانی به سیستم نظارت و برنامه‌ریزی اقدامات اصلاحی احتیاج دارد.
• ISO 22000 با توجه به نتیجه نظارت بر OPRP ها و برنامه HACCP نیاز به تجزیه و تحلیل و بهبود دارد.
• ISO 22000 همچنین نیاز به بررسی و شناسایی مشخصات، فرمول بندی و مبدا ورودی و محصولات نهایی دارد.
• ISO 22000 فعالیت‌های تأیید صحت و اعتبار سنجی را مجزا و روشن می‌کند.
• کنترل آلرژن یک برنامه پیش نیاز مورد نیاز در ISO 22000 است. اما در HACCP ذکر نشده است.
• ISO 22000، اصطلاحات جدیدی ایجاد کرده است، مانند «محصول بالقوه ناایمن» و اصطلاح «برداشت» برای فراخوان محصول و فعالیت‌های فراخوان محصول.
• ISO 22000 به بهبود و به روزرسانی مداوم سیستم مدیریتی نیاز دارد.
صنایع غذایی در سراسر جهان در رابطه با ایمنی مواد غذایی با چالش‌های زیادی روبرو هستند. مطالعات و تحقیقات بسیاری برای تعیین موانع اصلی اجرای HACCP و ISO 22000 انجام شده است. در نتیجه، اکثر مطالعات به این جمع بندی رسیده‌اند که عدم درک HACCP و سایر فرآیندهای سیستم‌های مدیریت ایمنی مواد غذایی یکی از موانع اصلی اجرای یک FSMS موثر و پایدار است.